Il software è il cuore del sistema Onyx Marine Automation. Una libreria installata sulla CPU mette a disposizione una gamma completa di funzioni predefinite: sebbene gran parte della configurazione, concepita espressamente per applicazioni nautiche, sia realizzata dagli ingegneri Onyx al momento dello sviluppo del progetto, l’installatore ha la possibilità modificare, se non addirittura di riprogrammare, l’intero sistema semplicemente inserendo i parametri aggiornati in un file Excel e caricandoli nella CPU.